Vydry jsou ohrožení vodní predátoři, které je potřeba chránit. V 19. a 20. století se jejich populace značně snížila vlivem lovu pro kožešiny, nenávisti rybářů a znečištění vodních toků. Terčem lovu a odstřelu se vydry staly po celé Evropě a na začátku 20. století byly dokonce na okraji vyhubení. Roku 1947 byla vydra říční zapsána na seznam hájené zvěře a v roce 1956 mezi druhy zákonem chráněné. I přesto ji ohrožoval úbytek vhodných stanovišť, znečištění prostředí a vodních toků, pytláctví a střety s dopravou.
Jde o predátora na vrcholu odpadního řetězce, u něhož se přirozeně projeví stav znečištění prostředí. Problémem je dodnes i nelegální lov nebo autodoprava, protože na silnicích je zabito ročně mnoho vyder. I přes tyto problémy se vydra říční do vod v ČR postupně za vrací a díky zvyšující se čistotě vod má poměrně dobré podmínky k životu. Setkat se s ní můžeme už téměř na 50 % území ČR a počet je odhadován na 2500 jedinců. Zásluhu na tom má i její důsledná ochrana a rovněž zlepšení kvality vod zavedením moderních systémů čištění odpadních vod. Jde o silně ohrožený druh zařazený v Červeném seznamu ČR jako zranitelný druh a v Červeném seznamu IUCN jako téměř ohrožený druh. Pro vydru říční byl také zpracován záchranný program – program péče. Největší výskyt vyder říčních v ČR je nyní v Jižních Čechách, na Šumavě, Plzeňsku a Českomoravské vrchovině.
Zkratka IUCN značí Mezinárodní svaz ochrany přírody. Naposledy byl červený seznam IUCN vydán v červnu 2012. Je na něm celkem uvedeno 63 837 druhů, z nichž 19 817 je ohroženo vyhynutím.