Na našem území se vydra říční dříve hojně vyskytovala, v 19. a 20. století ale došlo k razantnímu snížení její populace následkem boje rybářů a rybníkářů vůči ní, a také vlivem znečišťování krajiny a lidské činnosti. Dnes populace vydry v České republice narůstá a jde o chráněného živočicha.
Vydry v současné době žijí na téměř 80 % území ČR a odhaduje se, že jich je okolo 2500 jedinců. Jelikož jde o živočicha výrazně teritoriálního, nedochází v rámci určité plochy, pouze k rozšiřování výskytu a obsazování nových teritorií. Předpokládá se postupná stabilizace velikosti populace vyder a to, že poté již dále neporoste. Je dokonce možné, že se počet vyder bude snižovat, jelikož se aplikují moderní opatření, která snižují dostupnost ryb pro tyto šelmy.
V České republice najdeme řeku, která se jmenuje Vydra. Najdeme ji na Šumavě a zaslouženě patří ke klenotům tamní krajiny.